Den myteomspunne tapte byen Atlantis har endelig blitt funnet. Under dekke av et enormt hemmelighetskremmeri har noen forskere lykkes å finne ut hvor Atlantis ligger – men beliggenheten er ikke på jorden. Den forsvunne byen er nemlig i en annen galakse! Stargate Atlantis er oppfølgeren til suksesserien Stargate SG-1. Serien handler om en gruppe forskere og militærpersonell som reiser til den forsvunne byen for å avsløre Atlantis' hemmeligheter. Dr. Elizabeth Weir, i Torri Higginson's skikkelse, står i spissen for ekspedisjonen.